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三重大学教員紹介

教員情報

職名
講師
氏名

竹林 慎一郎
生年月
1974年9月16日
所属
部局
医学系研究科
学科・専攻
生命医科学専攻
講座
基礎医学系講座
教育研究分野
機能プロテオミクス
TEL
059-231-5007
FAX
059-231-5007
E-mail
stake@doc.medic.mie-u.ac.jp
個人のホームページ
学歴
1997年3月 三重大学生物資源学部 卒業
1999年3月 三重大学大学院生物資源学研究科 修士課程 修了
2002年3月 三重大学大学院生物資源学研究科 博士課程 修了
学位
博士(学術)
所属学会
日本分子生物学会
日本エピジェネティクス研究会
日本農芸化学会
社会活動
 
職歴
1999年4月- 2002年3月 独立行政法人・日本学術振興会・特別研究員 (DC1)
2002年4月- 2007年9月 独立行政法人・神戸理化学研究所・発生再生科学総合研究センター・研究員
2007年10月 – 2012年6月 米国フロリダ州立大学・生物科学部門・ポストドクトラルフェロー
2012年7月 – 2013年4月 熊本大学発生医学研究所・研究員
2013年5月 – 2014年3月 熊本大学大学院先導機構・特任助教
2014年4月 - 現在 三重大学大学院医学系研究科・講師
学術(芸術)賞
2008年12月 財団法人・上原生命科学記念財団・リサーチフェローシップ
専門分野
エピジェネティクス
現在の研究課題
1) MAPKの個体発生•老化における役割解明
2) 老化におけるエネルギー代謝変化とエピジェネティクス
3) 老化細胞における高次染色体構造の制御機構の解明
担当科目
チュートリアル
主な業績等
(学術論文)
1. Takebayashi, S., Lei, I., Ryba, T., Sasaki, T., Dileep, V., Battaglia, D., Gao, X., Fang, P., Fan, Y., Esteban, M. A., Tang, J., Crabtree, G. R., Wang, Z. and Gilbert, D. M. (2013) Murine esBAF chromatin remodeling complex subunits BAF250a and Brg1 are necessary to maintain and reprogram pluripotency-specific replication timing of select replication domains. Epigenetics Chromatin. 6:42

2. Kirkland, B., Wang, Z., Zhang, P., Takebayashi, S., Lenhert, S., Gilbert, D. M. and Guan, J. (2013) Low-cost fabrication of centimetre-scale periodic arrays of single plasmid DNA molecules. Lab Chip.13:3367-3372.

3. Liu, Y., Kirkland, B., Shirley, J., Wang, Z., Zhang, P., Stembridge, J., Wong, W., Takebayashi, S. I., Gilbert, D. M., Lenhert, S. and Guan, J. (2013) Development of a single-cell array for large-scale DNA fluorescence in situ hybridization. Lab Chip. 13: 1316-1324.

4. Takebayashi, S., Dileep, V., Ryba, T., Dennis, J.H. and Gilbert, D.M. (2012) Chromatin-interaction compartment switch at developmentally regulated chromosomal domains reveals an unusual principle of chromatin folding. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 109: 12574-12579. (featured in SnapShot: Replication timing. Cell 152, March 14, 2013)

5. Wang, X., Takebayashi, S., Bernardin, E., Gilbert, D. M., Chella, R. and Guan, J. (2012) Microfluidic extraction and stretching of chromosomal DNA from single cell nuclei for DNA fluorescence in situ hybridization. Biomed. Microdevices 27: 443-451.

6. Shirley, J.W., Ty, S., Takebayashi, S., Liu X., and Gilbert D.M. (2011) FISH Finder: a high-throughput tool for analyzing FISH images. Bioinformatics 27:933-938.

7. Sugimura, K., Takebayashi, S., Taguchi, H., Takeda, S., and Okumura, K. (2008) PARP-1 ensures regulation of replication fork progression by homologous recombination on damaged DNA. J. Cell Biol. 183:1203-1212.

8. Sharif, J., Muto, M., Takebayashi, S (first 3 authors contributed equally)., Suetake, I., Iwamatsu, A., Endo, T. A., Shinga, J., Mizutani-Koseki, Y., Toyoda, T., Okamura, K., Tajima, S., Mitsuya, K., Okano, M. and Koseki, H. (2007) The SRA protein Np95 mediates epigenetic inheritance by recruiting Dnmt1 to methylated DNA. Nature 450:908-912.

9. Takebayashi, S., Tamura, T., Matsuoka, C. and Okano, M. (2007) Major and essential role for DNA methylation mark in mouse embryogenesis and stable association of Dnmt1 with newly replicated regions. Mol. Cell Biol. 27:8243-8258.

10. Tsumura, A., Hayakawa, T., Kumaki, Y., Takebayashi, S., Sakaue, M., Matsuoka, C., Shimotohno, K., Ishikawa, F., Li, E., Ueda, H. R., Nakayama, J. and Okano, M. (2006) Maintenance of self-renewal ability of mouse embryonic stem cells in the absence of DNA methyltransferases Dnmt1, Dnmt3a and Dnmt3b. Genes Cells 11:805-814.

11. Takebayashi, S., Sugimura. K., Saito, T., Sato, C., Fukushima, Y., Taguchi, H. and Okumura, K. (2005) Regulation of replication at the R/G chromosomal band boundary and pericentromeric heterochromatin of mammalian cells. Exp. Cell Res. 304:162-174.

12. Erven, A., Skynner, M.J., Okumura, K., Takebayashi, S., Brown, S. D., Steel, K. P. and Allen, N. D. (2002) A novel stereocilia defect in sensory hair cells of the deaf mouse mutant Tasmanian devil. Eur. J. Neurosci. 16:1433-1441.

13. Kagotani, K., Takebayashi, S., Kohda, A., Taguchi, H., Paulsen, M., Walter, J., Reik, W. and Okumura, K. (2002) Replication timing properties within the mouse distal chromosome 7 imprinting cluster. Biosci. Biotechnol. Biochem. 66:1046-1051.

14. Ito, M., Takebayashi, S., Okumura, K., Ohkubo, T., Nishio, M., Kawano, M., Komada, H., Ito, Y. and Tsurudome, M. (2002) Up-regulated expression of a novel gene in activated human peripheral blood mononuclear cells that is a truncated paralog of the human system L-amino acid transporter 1. Int. J. Biochem. Cell Biol. 34:1152-1163.

15. Takebayashi, S. I., Manders, E. M., Kimura, H., Taguchi, H. and Okumura, K. (2001) Mapping sites where replication initiates in mammalian cells using DNA fibers. Exp. Cell Res. 271:263-268.

16. Takebayashi, S., Nakao, M., Fujita, N., Sado, T., Tanaka, M., Taguchi, H. and Okumura, K. (2001) 5-Aza-2'-deoxycytidine induces histone hyperacetylation of mouse centromeric heterochromatin by a mechanism independent of DNA demethylation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 288:921-926.

17. Okano, M., Takebayashi, S., Okumura, K. and Li, E. (1999) Assignment of cytosine-5 DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b to mouse chromosome bands 12A2-A3 and 2H1 by in situ hybridization. Cytogenet. Cell Genet. 86:333-334.

18. Aso, T., Amimoto, K., Takebayashi, S., Okumura, K. and Hatakeyama, M. (1999) Structural organization and chromosome location of the mouse elongin A gene (Tceb3). Cytogenet. Cell Genet. 86:259-262.

19. Hayashi, T., Nakamura, H., Okada, A., Takebayashi, S., Wakita, T., Yuasa, H., Okumura, K. and Suzuki, K. (1999) Organization and chromosomal localization of the human endothelial protein C receptor gene. Gene 238:367-373.

20. Fujita, N., Takebayashi, S., Okumura, K., Kudo, S., Chiba, T., Saya, H. and Nakao, M. (1999) Methylation-mediated transcriptional silencing in euchromatin by methyl-CpG binding protein MBD1 isoforms. Mol. Cell Biol. 19:6415-6426.

21. Koga, H., Matsui, S., Hirota, T., Takebayashi, S., Okumura, K. and Saya, H. (1999) A human homolog of Drosophila lethal(3)malignant brain tumor (l(3)mbt) protein associates with condensed mitotic chromosomes. Oncogene 18:3799-3809.

22. Fujishige, K., Kotera, J., Michibata, H., Yuasa, K., Takebayashi, S., Okumura, K. and Omori, K. (1999) Cloning and characterization of a novel human phosphodiesterase that hydrolyzes both cAMP and cGMP (PDE10A). J. Biol. Chem. 274(26):18438-18445.

23. Tsurudome, M., Ito, M., Takebayashi, S., Okumura, K., Nishio, M., Kawano, M., Kusagawa, S., Komada, H. and Ito, Y. (1999) Primary structure of the light chain of fusion regulatory protein-1/CD98/4F2 predicts a protein with multiple transmembrane domains that is almost identical to the amino acid transporter E16. J. Immunol. 162:2462-2466.

24. Yanaka, N., Kotera, J., Ohtsuka, A., Akatsuka, H., Imai, Y., Michibata, H., Fujishige, K., Kawai, E., Takebayashi, S., Okumura, K. and Omori, K. (1998) Expression, structure and chromosomal localization of the human cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase PDE5A gene. Eur. J. Biochem. 255:391-399.

(総説)
1. 竹林慎一郎、中尾光善「哺乳類遺伝子発現に重要な高次エピゲノム制御-機能単位としての染色体ドメイン構造とその調節」化学と生物、学会出版センター、pp597-599、2013

2. Takebayashi, S., Ryba, T. and Gilbert, D. M. (2012) Developmental control of replication timing defines a new breed of chromosomal domains with a novel mechanism of chromatin unfolding. Nucleus 3:500-507.

3. Gilbert, D.M., Takebayashi, S.I., Ryba, T., Lu, J., Pope, B.D., Wilson, K.A. and Hiratani, I. (2011) Space and Time in the Nucleus: Developmental Control of Replication Timing and Chromosome Architecture. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 75:143-153.

4. Hiratani, I., Takebayashi, S., Lu, J. and Gilbert, D.M. (2009) Replication timing and transcriptional control: beyond cause and effect. Part II. CURR. OPIN. GEN. DEV. 19: 142-149.

5. 竹林慎一郎「メチル化DNA維持機構の解明」化学と生物、学会出版センター、pp592-593、2009

6. 武藤正弘、Sharif Jafar、竹林慎一郎「SRAドメインをもつNp95はメチル化
DNAにDnmt1をリクルートすることによりエピジェネティクな遺伝子発現の
維持を仲介する」実験医学、羊土社、pp921-925、2008

7. 奥村克純、杉村和人、竹林慎一郎、齋藤辰朗「核内クロマチン構造と複製タイミング•フォークの制御」染色体サイクル制御の分子メカニズム、実験医学増刊、羊土社、pp739-746、2007

8. 杉村和人、竹林慎一郎、奥村克純「DNAファイバーFISH-動物細胞ゲノムの複
製フォーク進行過程の解析」クロマチン・染色体実験プロトコール、羊土社、pp159-167、2004

9. 岡野正樹、竹林慎一郎「エピジェネティクス」クロマチン構造と遺伝子機能制御、
シュプリンガーフェアラーク東京、pp205-211、2003


更新日 2014-06-23
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